Un moine, Emilion, venu de Vannes, s’installa au VIIIème siècle dans une grotte. L’ermite fait des miracles et rassemble autour de lui des moines bénédictins. Après son décés, ces derniers creusent dns la roche une église troglodytique puis édifient une abbaye. Au cours des siècles suivants, des religieux d’autres congrégations élèvent des couvents et des églises dans la ville puis la ceinturent de remparts. Jean sans Terre fonde véritablement la ville en 1199 et lui donne une organisation politique sous forme de jurade, avec moult privilèges à la clé. Entouré de coteaux calcaires, le village se consacre au vin, étend son activité et commerce avec l’Angleterre pendant la guerre de Cent ans.Les bateaux partent chargés de barriques et reviennent lestés de galets qui paveront les ruelles escarpées. La ville s’enrichit et se couvre de maisons bourgeoises en pierre blonde et d’hôtels particuliers, tandis que les riches propriétaires entreposent leur vin dans 70 hectares de galeries souterraines pour le faire vieillir.
Ce village est l’un des plus riches en monuments historiques de tous les villages de France. En effet, on peut y trouver des monuments tels que l’église troglodytique Saint-Pierre réalisée du IXème au XIIème siècle ; les carrières ; les catacombes ; la chapelle de la Madeleine ; la commanderie ; le couvent des cordeliers, et celui des dominicains. Etape rituelle des pèlerins de Saint-Jacques de Compostelle, ceux-ci honoraient les reliques de Saint-Emilion dans l’église souterraine. Beaucoup furent inhumés au pied de l’autel Saint-Jacques dans l’église collégiale ; un hôpital recevait les jacquets de passage dans la ville. On a découvert dans le cimetière de la Madeleine de nombreuses sépultures de pèlerins recelant des coquilles Saint-Jacques.

A voir aussi, l’église collégiale et son cloître abritant de belles peintures et un orgue classé du XIXème siècle. Le portail du couvent des jacobines, lui, est orné d’une sculpture du XVème siècle. Celui des Cordeliers date de la même époque. Les galeries souterraines sont aménagées en chais à barriques et en musées de la poterie possédant de très belles pièces du XIIIème siècle.

Le village est classé patrimoine mondial de l’humanité par l’UNESCO.